Поскольку большинству идея разделения на «мальчишечьи» и «девчоночьи» книжки не понравилась,  даю единым шорт-листом.
         Книги расположены не по рейтингу (все, которые попали в двадцатку, очень популярны), а по возрасту - от раннего возраста (лет с пяти) к позднему (до двенадцати-тринадцати, когда дети уже предпочитают выбирать чтение сами).

А.Милн «Винни Пух и все-все-все»

А. Линдгрен «Карлсон, который живет на крыше»

Н.Носов. «Незнайка»

Т. Янсон. Книги о муми-троллях

А. Волков «Волшебник Изумрудного города»

В. Драгунский «Денискины рассказы»

Р. Киплинг «Маугли» («Книга джунглей»)

Л.Кэрролл «Алиса»

Дж. Роулинг «Гарри Поттер»

М.Твен «Приключения Тома Сойера и Гекльберри Финна»

Д.Дефо «Приключения Робинзона Крузо» (очевидно, сокращенный вариант)

Р.Л.Стивенсон «Остров сокровищ»

Р.Сабатини «Одиссея капитана Блада»

Ж.Верн «Таинственный остров»

В.Каверин «Два капитана»

Дж.Толкиен «Хоббит»

Дж.Толкиен «Властелин колец»

А.Дюма «Три мушкетера»

А.Дюма «Граф Монте-Кристо»

А. Конан Дойль «Рассказы о Шерлоке Холмсе»

Близко к двадцатке оказались:
        Джек Лондон, Джеральд Даррелл, Аркадий Гайдар и Владислав Крапивин, но «по совокупности творчества», а не как авторы отдельных книг; Александра Бруштейн «Дорога уходит в даль»; Лев Кассиль «Кондуит и Швамбрания»; Леонид Соловьев «Повести о Ходже Насреддине»; Александр Грин «Алые паруса»; Клайв Льюис «Хроники Нарнии»; Харпер Ли «Убить пересмешника». 

Top-10 популярности (кому интересно) вот такой:

1. «Рассказы о Шерлоке Холмсе»
2. «Приключения Тома Сойера и Гекльберри Финна»
3. «Три мушкетера»
4. «Карлсон, который живет на крыше»
5. «Муми-тролли»
6. «Маугли»
7. «Гарри Поттер»
8. «Волшебник Изумрудного города»
9. «Алиса»
10. «Одиссея капитана Блада»

Меня поразило, что в список не попали сказки Андерсена, что почти никто не вспомнил Буратино-Чипполино и (личная утрата) только пара человек назвали «Три толстяка».

Ну вот, родители, можете пользоваться, если пожелаете. Советую также прочитать обсуждение - оттуда вы узнаете, как масса самых разных книг была опробована на живых детях, некоторые из которых в ходе эксперимента жестоко пострадали.
Наш рекомендательный список составлен из названий, проглоченных детьми с аппетитом и без вредных последствий.

Борис Акунин